Las primeras referencias a la población de las tierras que ocupa el actual término municipal de Cortes están fechadas en la Edad del Bronce. El poblado del Cerro de la Cruz es, según afirma el profesor Malurque, el poblado de la Edad de Hierro española más completo y cuyo estudio se halla más avanzado. El Cerro de la Cruz se ha hecho famoso entre todos los historiadores de la Edad Antigua. Estuvo poblado desde finales de la Edad del Bronce y principios de la Edad del Hierro, y su excavación ha permitido documentar seis poblados utilizados durante 500 años a partir del siglo IX a. C. Las moradas más antiguas son chozas tanto redondas como cuadradas, sustituidas por otras rectangulares de adobe, divididas en dos salas con un hiogar central, y también se levantó una muralla de adobe protegiendo el pueblo. La necrópolis es tradicional. con urnas. Hay evidencias de que posteriormente fue poblado por los romanos. Su reconquista se debió a Alfonso el Batallador a principios de 1119, que la dio a su hermano Rotrou de Alperche. Carlos III donó la villa, su castillo, hombres y mujeres, cristianos, moros y judíos, pechas, rentas, casas, bailíos, medios y homicidios a su hijo Godofre, fundándose el condado de Cortes, que le fue arrebatado por Juan II de Aragón quién lo entregó a su hijo natural Alonso de Aragón, 1.er Conde de Cortes de su línea.1​ En el año 1353 contaba el pueblo con 50 familias cristianas y 80 musulmanas. Estos últimos representaron un papel importante durante toda la Edad Media y quedan muchos vestigios suyos. El inventario fiscal realizado tras la invasión castellana del Reino de Navarra en 1512, reflejaba que la mayor parte de su población era musulmana ( XLIIII casas de moros y XXXIII casas de cristiranos).2​ En 1900 se contabilizaron 1.140 habitantes, siendo la apertura del canal de Lodosa la principal causa del desarrollo demográfico, que ha hecho ascender la población a las 3.361 personas en la actualidad. Durante muchos años perteneció a los Condes de Cortes y Duques de Villahermosa, cuyo palacio todavía se alza airoso. Felipe IV le otorgó el aprovechamiento de las Bardenas Reales en 1664.