La situación estratégica de Valle de Abdalajís, situado a mitad de camino entre el Valle del Guadalhorce y la depresión de Antequera, ha condicionado a lo largo de muchos años sus relaciones con otros pueblos y su propia historia. De hecho, en las cercanías del pueblo, se han encontrado numerosos yacimientos prehistóricos, que demuestran la importancia de esta zona como paso natural y lugar de asentamiento. Posteriormente, otras civilizaciones habitaron este territorio dejando su legado; entre ellos, íberos, celtas, helenos, púnicos, destacando el periodo de ocupación romana, cuando existía bajo el actual casco urbano del pueblo, la ciudad de Nescania, antiguo poblado romano declarado en el siglo I municipio de la provincia Bética en el que se encontraba un gran templo dedicado al culto del dios Júpiter. Con la llegada de los vándalos, en el siglo IV, se arrasó la ciudad, produciéndose un despoblamiento en la zona hasta la llegada de los árabes, a quienes le debemos el origen del nombre actual del pueblo, Abd-El-Aziz, hijo del conquistador Muza, que vivió durante un tiempo por estas tierras. De esa época, se conserva aún el trazado de la parte alta del pueblo. Tras la conquista cristiana, el pueblo adopta su forma actual, con casas solariegas y varios edificios religiosos, entre los que destaca el Convento de Beata Madre Petra, convertido actualmente en una residencia de ancianos.