La ermita en honor al Cristo de la Junquera ha sido reconstruida en el año 2000 y ubicada en el lugar donde la tradición nos cuenta que fue hallada la imagen del patrón del municipio el 18 de enero de 1625 por los hermanos Pedro y Juan Margalló. Con ello se recupera una tradición religiosa de romerías y peregrinaciones.
La nueva construcción ha permitido poner al descubierto los pocos restos arqueológicos de la antigua Ermita, un edificio de planta de cruz griega con un espacio de unos 60 metros cuadrados que seguramente presentaba ruinas a finales del siglo XIX o principios del XX y del que sólo se conocía su existencia por los restos de un muro de la antigua edificación.
Más recientemente la mayor parte de dichos restos han sido cubiertos a la espera de una futura actuación de conservación y consolidación de las estructuras encontradas. La nueva ermita es de planta de cruz latina romana, formada por nave longitudinal orientada al este, crucero transversal en dirección norte-sur y presbiterio circular en la parte oeste del edificio. La cubierta es de bóvedas de cañón de medio punto para las naves, que dan origen por el encuentro de la longitudinal y el crucero a la bóveda por arista. El ábside se cubre por una bóveda de cuarto de esfera semi-cónica. El altar queda a un nivel superior accediéndose mediante tres escalones.