El claustro bajo alberga pinturas al temple con escenas de historias franciscanas.
Obras:
El Milagro de las rosas, Indulgencia de la Porciúncula o Aparición de Cristo y la Virgen de los Ángeles a San Francisco
San Francisco según la visión del papa Nicolás
Santa Clara defiende su convento de Asís del ataque de los sarracenos
San Diego de Alcalá cura al príncipe Carlos, hijo de Felipe II
El milagro del Pan de Pobres
San Francisco degüella a un mitrado
Santa Rosa de Viterbo
San Francisco y sus compañeros servidos por los ángeles
El Cardenal Cisneros en la toma de Orán
Franciscano bautizando a un indio
Santa Clara en su celda
Estas pinturas son de la primera mitad del s. XVII, debidas al mismo autor, probablemente algún fraile de la orden. Las paredes del claustro superior están decoradas con esgrafiados. Tanto las pinturas del claustro inferior como los esgrafiados del superior han sido restauradas recientemente. En el interior de la Iglesia conventual hay pinturas decorativas de esta misma época.